История акционерного общества "Хабаровскводтранс" началась в 1993 году с момента образования товарищества с ограниченной ответственностью "Бикин". Предприятие создавалось для развития внешнеэкономических связей Хабаровского края с Китайской Народной Республикой и другими странами, увеличения экспорта товаров и услуг, производимых на территории края, развития совместной деятельности предприятий производственного сектора, туризма, делового сотрудничества в отношениях со странами Азиатско-Тихоокеанского региона. С этой целью предприятие было наделено функциями заказчика по строительству, дальнейшей эксплуатации и организации деятельности смешанного грузопассажирского пункта пропуска в селе Покровка Бикинского района Хабаровского края.
С января 1994 года по декабрь 2000 года пункт пропуска работал под руководством ООО "Бикин" по временной схеме в передвижных вагончиках, обеспечивая ввоз из КНР строительных материалов, необходимых для строительства постоянного пункта пропуска. В течение этого времени, помимо решения основных задач по администрированию временного пункта пропуска и координации работ по строительству нового современного комплекса, была проделана значительная работа по разработке и освоению новых транспортных потоков и туристических маршрутов, проведена рекламная компания по привлечению туристов, наработана база клиентов, пользующихся услугами пункта пропуска, накоплен опыт решения сложных задач. Количество транспортных средств, проходящих через пункт пропуска, возросло со 110 единиц в 1994 году до 1330 единиц в 2000 году. В феврале 2000 года на базе ООО "Бикин" создано краевое государственное унитарное предприятие "Переход Покровка".
Завершение строительства и сдача в эксплуатацию нового комплекса пункта пропуска "Покровка" в декабре 2000 года стало новым этапом в его деятельности: увеличились объемы грузовых и пассажирских перевозок, активизировалась туристическая деятельность. Только в первый год работы количество туристов, посетивших КНР за год, возросло с 250 человек в 1998-2000 годах, до 9700 человек в 2001 году. После завершения строительства нового пункта пропуска и передачи его в федеральную собственность предприятие сосредоточилось на эксплуатации и содержании объектов транспортной инфраструктуры пункта пропуска: подъездной автомобильной дороги, берегоукрепления и комплекса причальных сооружений "Покровка – Уссурийская" на реке Уссури, ледовой переправы через реку Уссури в зимнее время.
В феврале 2002 года краевое государственное унитарное предприятие "Переход Покровка" переименовано в краевое государственное унитарное предприятие "Хабаровскводтранс", а с мая того же года в сферу деятельности предприятие добавилась эксплуатация комплекса объектов пассажирского направления речного пункта пропуска "Хабаровск".
Успешно решая поставленные перед ним задачи, предприятие продолжает динамично развиваться: с 2007 года осуществляются международные и внутренние пассажирские перевозки двумя 24-х местными автобусами, в 2009 году для нужд речного вокзала города Хабаровска приобретен новый дебаркадер № 701, зимой 2010 – 2011 года впервые было открыть движение транспортных средств, следующих в КНР и обратно, по искусственному дорожному сооружение (ледовой переправе, усиленной металлическими понтонными конструкциями) через реку Уссури, в марте 2011 года заключены договоры лизинга на постройку трех речных пассажирских судов для осуществления пассажирских перевозок в бассейне реки Амур, в том числе быстроходного пассажирского судна проекта А45-2 пассажировместимостью 100 человек и двух амфибийных судов на воздушной подушке пассажировместимостью 30 и 50 человек, для дальнейшего развития международных и внутренних пассажирских перевозок в декабре 2011 года приобретен новый 45-ти местный комфортабельный автобус, планируется постройка или приобретение нового грузового парома для постановки его на линию "Покровка – Жаохэ" к началу навигации 2012 года.
В соответствии с Прогнозным планом приватизации краевого государственного имущества на 2011 год, утвержденным Постановлением Правительства Хабаровского края, краевое государственное унитарное предприятие «Хабаровскводтранс» приватизировано путем реорганизации в форме преобразования в открытое акционерное общество "Хабаровскводтранс", государственная регистрация Общества осуществлена 13 апреля 2012 года.
В наступившем 2012 году предприятие отметит свой 10-ти летний юбилей существования в современном виде, который оно встретит с уверенностью в завтрашнем дне, как динамично развивающаяся транспортная компания, один из лидеров на рынке речных и автомобильных перевозок.